Działalność archiwalna na Suwalszczyźnie sięga początków osadnictwa na tych ziemiach.
Wraz z pojawieniem się funkcjonariuszy administracji królewskiej (starostwa, leśnictwa, dobra stołowe), kościelnej, lokacjami miast, prywatnymi majątkami ziemskimi, pojawiły się zalążki archiwów. Jedne z pierwszych informacji o tych archiwach pochodzą z wieku XVII. Nie można nie wspomnieć o archiwum kamedułów wigierskich. Było to archiwum bezcenne dla naszego regionu i o dużych rozmiarach (sam inwentarz tego archiwum składał się z 3 obszernych ksiąg).
Poważne zmiany w tej dziedzinie przyniósł rozwój biurokracji w XIX wieku. Powstały wówczas w Suwałkach, od 1817 r. siedzibie województwa, dużych rozmiarów archiwa zakładowe (o charakterze praktycznym, a nie historycznym), wśród których wyróżniały się archiwa władz wojewódzkich (gubernialnych), miejskich oraz sądowe. Akta starsze z tego obszaru, sięgające nawet połowy XVI wieku zostały umieszczone nie w Suwałkach, a w zorganizowanym w 1834 r. archiwum dawnym w Łomży. Z archiwum tego zostały przekazane w 1885 r. do Archiwum Głównego w Warszawie i uległa zniszczeniu w 1944 r.
Historia Archiwum w Suwałkach.
Pierwsze archiwum o charakterze historycznym na Suwalszczyźnie, Archiwum Państwowe w Suwałkach, rozpoczęło działalność w 1921 r. Zgromadziło archiwalia pozostałe po administracji ogólnej i specjalnej guberni suwalskiej różnych szczebli. Po wstępnym uporządkowaniu i selekcji zasób jego został w całości w 1926 r. przewieziony do Archiwum Państwowego w Grodnie, natomiast archiwum suwalskie przestało istnieć. Nie wszystkie archiwalia byłej guberni suwalskiej znalazły się w archiwum grodzieńskim.
W Suwałkach pozostał zasób Sądu Okręgowego (akta sądowe, hipoteczne, notarialne, stanu cywilnego). Część akt administracyjnych została ewakuowana przed i w trakcie I wojny światowej w głąb Rosji. Do dalszego rozproszenia przyczyniła się II wojna światowa: część materiałów archiwalnych Suwalszczyzny została wywieziona przez Niemców do Staatsarchiv Königsberg, a po zakończeniu wojny znalazły się w różnych archiwach ZSRR, m. in. w Grodnie, Moskwie, Leningradzie (Petersburgu), Gorkim, Kownie, Wilnie. Archiwalia XIX-wieczne skupione zostały w większości w ówczesnym Centralnym Państwowym Archiwum Historycznym [Republiki] Litewskiej ZSRR (Centralnyj Gosudarstviennyj Istoričeskij archiv Litovskoj SSSR, obecnie Lietuvos valstybes istorijos archyvas). Stosunkowo niewielka ich część została przekazana w ramach tzw. "rewindykacji" Polsce. Miały dokąd wrócić, bowiem w 1954 roku zostało powołane, a od 1955 r. faktycznie rozpoczęło działalność, Powiatowe Archiwum Państwowe w Suwałkach, podlegające Wojewódzkiemu Archiwum Państwowemu w Białymstoku. Organizatorem i początkowo jedynym pracownikiem merytorycznym, a następnie długoletnim kierownikiem i dyrektorem była Irena Filipowicz. Mimo trudności lokalowych i finansowych, archiwum gromadziło, opracowywało i udostępniało zasób, podejmowało działania popularyzacyjne, uczestniczyło w życiu naukowym. W 1965 r. Powiatowe Archiwum Państwowe w Suwałkach zostało przemianowane na Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Białymstoku Oddział Terenowy w Suwałkach.
Duże zmiany zaszły w 1976 r. W związku z reformą administracyjną i utworzeniem województwa suwalskiego zostało przekształcone w Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Suwałkach. Podporządkowano jemu Archiwum w Ełku jako oddział. W 1983 roku uległa zmianie nazwa na obecną - Archiwum Państwowe w Suwałkach. Od 1990 r. funkcję dyrektora Archiwum Państwowego w Suwałkach sprawował Tadeusz Radziwonowicz. Od 2022 roku dyrektorem jest Sławomir Filipowicz.
Historia Oddziału w Ełku.
Oddział w Ełku został utworzony w 1954 roku i podlegał Wojewódzkiemu Archiwum Państwowemu w Białymstoku. Początkowo Oddział mieścił się w budynku Prezydium Powiatowej Rady Narodowej przy ul. 6 Kwietnia. Zasób Odziału w Ełku gromadzono powoli, przejmując początkowo akta likwidowanych jednostek administracji państwowej, szkół, spółdzielni z terenu działania Oddziału, czyli z powiatów Ełk, Gołdap, Olecko i Grajewo (I przejęcie dokumentacji nastąpiło w 1955r.).
Rok 1963 przyniósł poważne zmiany. Oddział otrzymał budynek przy ul. Kąpielowej, gdzie poprzednio była łaźnia miejska i zajmował go do 2001 r. Wzbogacił też poważnie swój zasób: z Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Białymstoku przyjęto akta niemieckich instytucji z powiatów Ełk, Gołdap, Olecko – banków, urzędów katastralnych, notariuszy, ewangelickich urzędów parafialnych, superintendentury w Ełku oraz z powiatu Grajewo – akta notariuszy biebrzańskich.
Pod koniec lat sześćdziesiątych zasób Oddziału wzbogacił się o akta byłego powiatu szczuczyńskiego z okresu rozbiorów, które w ramach rewindykacji wróciły z ZSRR, początkowo do AGAD-u, a stamtąd, poprzez WAP w Białymstoku, do Ełku.
Kolejną datą graniczną był rok 1976. W wyniku reformy administracyjnej zmienił się teren działania Oddziału w Ełku i do chwili obecnej obejmuje miasta: Biała Piska, Ełk, Giżycko, Mikołajki, Orzysz, Pisz, Ruciane-Nida, Ryn, Węgorzewo i gminy: Banie Mazurskie, Budry, Kalinowo, Kruklanki, Miłki, Pozezdrze, Prostki, Stare Juchy, Wydminy, Świętajno. Oddział w Ełku stał się oddziałem Wojewódzkiego Archiwum w Suwałkach (od 1984 Archiwum Państwowego w Suwałkach). W związku ze zmianą podległego obszaru Oddział przejął nowe materiały archiwalne zlikwidowanych jednostek administracji państwowej.
We wrześniu 2001 roku Oddział zmienił siedzibę, przenosząc się do budynku byłych warsztatów Zespołu Szkół Mechaniczno-Elektrycznych przy ul. Armii Krajowej 17 A, staraniem władz miasta adoptowanego na potrzeby Oddziału. Przygotowując zasób do przeprowadzki poddano go w całości dezynfekcji w komorze próżniowej. Warunki lokalowe Oddziału znacznie się poprawiły: powierzchnia magazynowa wzrosła nieporównanie, pracownia naukowa (czytelnia) oferuje dobre warunki pracy użytkownikom, co zaowocowało zwiększeniem ich odwiedzin, zarówno obywateli polskich, jak i obcokrajowców, zwłaszcza Niemców zainteresowanych genealogią.